Satuan Pengawas Internal (SPI) UNY berdiri pada tanggal 1 Maret 2009 berdasarkan SK Rektor UNY Nomor 222 Tahun 2009 dengan nomenclature Kantor Audit Internal (KAI). SPI UNY beberapa kali berubah nomenclature dan rentang koordinasi administrasinya. Sejak diberlakukannya statuta UNY Tahun 2011, maka per Januari 2012 KAI UNY berubah nomenclature menjadi Satuan Pengawas Internal (SPI). Pada tahun 2022, seiring dengan perubahan pengelolaan UNY dari Badan Layanan Umum (BLU) ke Perguruan Tinggi Negeri Berbadan Hukum (PTNBH) melalui Peraturan Pemerintah Nomor 35 Tahun 2022 tentang Perguruan Tinggi Negeri Badan Hukum Universitas Negeri Yogyakarta, maka keberadaan SPI UNY mengalami pergeseran dari organ menjadi unsur sebagaimana diatur pada Pasal 66 ayat (1) Peraturan Rektor UNY Nomor 8 Tahun 2023 tentang Organisasi Dan Tata Kerja Universitas Negeri Yogyakarta.

Satuan Pengawas Internal UNY bertugas menjalankan pengawasan di bidang non akademik untuk dan atas nama Rektor pada bidang organisasi, keuangan, ketenagaan, kemahasiswaan, dan sarana prasarana (Pasal 66 ayat (1) dan (2) Peraturan Rektor UNY Nomor 8 Tahun 2023 tentang Organisasi Dan Tata Kerja Universitas Negeri Yogyakarta). Dalam menjalankan tugasnya Satuan Pengawas Internal menyelenggarakan fungsi: (a) penetapan kebijakan program pengawasan internal bidang non akademik, (b) pelaksanaan penyusunan pedoman pengawasan internal, (c) pelaksanaan pengawasan internal terhadap pengelolaan UNY bidang non akademik melalui aktivitas audit, reviu, evaluasi, pemantauan atau monitoring, dan pemeriksaan atau pengawasan lainnya, (d) mengambil kesimpulan atas hasil pengawasan internal, (e) pelaksanaan penyusunan laporan hasil pengawasan internal, (e) melaporkan hasil pengawasan internal kepada Rektor, (f) pelaksanaan penyusunan laporan hasil pengawasan internal, (g) pemberian saran dan/atau pertimbangan mengenai perbaikan pengelolaan kegiatan non akademik kepada Rektor atas dasar hasil pengawasan internal.

Dalam menjalankan tugasnya, Satuan Pengawas Internal secara administrasi berkoordinasi dengan Direktorat Penjaminan Mutu. Satuan Pengawas Internal bedasarkan Pasal 68 ayat (1) terdiri atas ketua merangkap anggota, sekretaris merangkap anggota dan anggota SPI UNY. Anggota SPI UNY terdiri atas 5 (lima) anggota dengan komposisi keahlian: (a) bidang akuntansi dan pelaporan keuangan, (b) bidang organisasi dan tata kelola, (c) bidang hukum dan ketenagaan/kepegawaian, (d) bidang kemahasiswaan, dan (e) bidang pengelolaan aset, sarana dan prasarana, dan barang milik universitas (Pasal 68 ayat (2) Peraturan Rektor UNY Nomor 8 Tahun 2023). Selain berisi ketua, sekretaris dan anggota, dalam menjalankan tugasnya SPI UNY dibantu oleh kelompok jabatan fungsional yang ditetapkan oleh Rektor (Pasal 68 ayat 4 Peraturan Rektor UNY Nomor 8 Tahun 2023).