Dalam menjalankan tugas dan tanggung jawabnya, Satuan Pengawasan Internal juga mempunyai wewenang sebagaimana diatur dalam Audit Charter 2.4 angka 1 yaitu:

1. Melakukan audit pada unit kerja di UNY terhadap kesesuaian, kewajaran, kelengkapan, efisiensi, dan efektivitas kegiatan dan bisnis dalam rangka mendukung pencapaian tujuan organisasi
2. Melakukan audit pada unit kerja berdasarkan permintaan Pimpinan Unit Kerja atau berdasarkan penugasan Rektor sesuai kesepakatan antara Manajemen UNY dengan Manajemen Unit Kerja. Pelaksanaan audit dilakukan dengan berpedoman kepada peraturan yang berlaku di UNY
3. Memiliki akses penuh, bebas, dan tak terbatas terhadap seluruh personil Direktorat, Subdirektorat, Unit Usaha dan Pihak Ketiga yang terikat dengan perjanjian kerjasama maupun perjanjian kinerja termasuk dokumen, pencatatan, personil, dan sumber daya auditi lainnya untuk memperoleh informasi yang komperehensif yang berkaitan dengan pelaksanaan tugas audit. Hal ini termasuk akses kepada rekanan/calon rekanan penyedia barang dan jasa pada UNY maupun unit bisnis/afiliasi berupa konfirmasi dan klarifikasi secara administratif maupun pengawasan fisik lapangan.